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    Liens sélectionnés par Health On the Net Foundation dans le cadre de l'émission 36.9° diffusée le mercredi 23 janvier 2013, 20:05 sur TSR 1:

    Microbiote : ces bactéries qui nous gouvernent

    Microbiote : ces bactéries qui nous gouvernent Les scientifiques viennent de découvrir un nouvel organe. Un organe non pas composé de cellules humaines, mais de bactéries. Cette découverte bouleverse la perception que l'on avait du corps humain et ouvre la porte à la compréhension de maladies à priori aussi éloignées l'une de l'autre que l'obésité et l'autisme.

    Physiologie Digestive

    • Le tractus gastro-intestinal
      Rôle du tractus gastro-intestinal (GI): Le tractus GI est responsable de la digestion des aliments, de leur dégradation en protéines, glucides, lipides, sels minéraux, oligo-éléments et autres substances utilisables par l'organisme. Le tractus GI permet également le transport de ces nutriments à travers la muqueuse intestinale vers la circulation sanguine de façon à ce qu'ils puissent être utilisés par l'organisme, ceci correspondant à l'absorption.

      Le système GI est composé de plusieurs organes : la bouche, l'œsophage, l'estomac, l'intestin grêle et le gros intestin aussi appelé côlon (Figure 1.1). Le côlon contribue à trois fonctions importantes de l'organisme : 1) la digestion et l'absorption des aliments encore non digérés, 2) la concentration des matières fécales par absorption d'eau et d'électrolytes, 3) l'entreposage et l'évacuation maîtrisée des selles. Sur le plan fonctionnel, le côlon peut être divisé en deux parties séparées par le côlon transverse, soit le côlon droit et le côlon gauche. Le côlon droit (caecum et côlon ascendant ou proximal) joue un rôle majeur dans l'absorption de l'eau et des électrolytes, de même que dans la fermentation des sucres non digérés; le côlon gauche (côlon descendant ou distal, côlon sigmoïde et rectum) intervient surtout dans l'entreposage et l'évacuation des selles.


      Figure 1.1 : Représentation schématique des organes composant le tractus GI (modifié de Aggett et al., 2003)
      2005
      Source: Collection mémoires et thèses électroniques - Université Laval - Canada (fr)
    • Digestion
      De la bouche à l'anus, la nourriture subit de multiples transformations chimiques et mécaniques. Ces modifications peuvent être divisées en 3 phases selon le lieu (l'organe) où les aliments sont transformés en nutriments :
      - La phase buccale et œsophagienne
      - La phase gastrique
      - La phase intestinale

      Source: Faculté de médecine, Université Laval (fr)
    Microbiote

    • Qu'est-ce donc qu'un microbiote intestinal normal ?
      Jadis, on parlait de flore intestinale. Il convient aujourd'hui de parler de microbiote, concept correspondant plus généralement à l'ensemble des micro-organismes existant dans un environnement donné (le microbiome). Ainsi le microbiote intestinal est-il constitué de l'immense et complexe communauté microbienne vivant en son sein ; un microbiote dont on sait qu'il exerce des fonctions essentielles en termes de nutrition et de santé. Mais qu'est-ce qu'un microbiote intestinal normal ? La question était soulevée il y a peu à Paris, devant l'Académie nationale de médecine par Joël Doré, chercheur à l'Institut national français de la recherche agronomique (Inra).
      Source: Revue médicale suisse - 2011 (fr)
    • La flore intestinale : un monde vivant à préserver
      Chez un sujet bien portant, la flore intestinale compte environ 1012-14 bactéries soit, suivant l'âge, dix à 20 fois le nombre de cellules de l'organisme. C'est dire l'importance de ce « monde microbiologique vivant », ou microbiote, que nous abritons. Il est indispensable à notre santé et sans doute à la survie de notre espèce.
      Les bactéries présentes chez un individu à l'état normal sont des bactéries commensales ou saprophytes, par opposition aux bactéries pathogènes.


      Source: Journal de pédiatrie et de puériculture (2009) (fr)
    • Composition du microbiote intestinal
      Le microbiote intestinal constitue un écosystème complexe composé de plusieurs centaines d'espèces, sous-espèces et biotypes bactériens, la majorité de ces bactéries est anaérobie stricte (Conway, 1995). Certains microorganismes sont présents en plus grand nombre que d'autres. Il est estimé qu'un ensemble d'environ 40 espèces représente 99% de la microflore bactérienne (Macfarlane et Macfarlane, 1997). Certains microorganismes retrouvés très fréquemment et en grand nombre sont dits autochtones, cependant d'autres bactéries transitant à travers le tractus GI sont aussi souvent détectées dans les fèces. Les genres bactériens les plus largement représentés dans le microbiote intestinal sont Bacteroides et Bifidobacterium représentant respectivement environ 30 et 25% de celui-ci. Les autres constituants majeurs du microbiote colique appartiennent notamment aux genres Fusobacterium , Ruminococcus , Clostridium , Eubacterium et Lactobacillus.

      Le microbiote intestinal se trouve dans le côlon sous deux états, l'état planctonique où les populations bactériennes évoluent de façon libre et isolée dans l'environnement colique et un état sessile où les bactéries sont fixées à des particules alimentaires ou au mucus intestinal formant alors un biofilm (Macfarlane et al., 1997, Probert et Gibson, 2002).

      Le mucus constitue une barrière physique face aux organismes potentiellement pathogènes présents dans la lumière intestinale (Lee et al., 2003). Le mucus possède en outre la capacité d'inhiber l'adhésion des agents pathogènes aux cellules épithéliales. Cette propriété repose en partie sur les mucines (principaux constituants du mucus) produites par les cellules épithéliales. Le mucus constitue aussi un micro-environnement pour la microflore autochtone car des gradients de nutriments, d'oxygène et de pH se forment à travers la structure et l'état métabolique des colonies bactériennes dépend alors grandement de leur localisation dans le biofilm (Palestrant et al., 2004). Certains genres bactériens sont plus adaptés à l'état sessile que planctonique. Les microorganismes les plus souvent détectés dans le tissu muqueux sont les Bacteroides et les fusobactéries. D'autres bactéries comme Bifidobacterium spp., Spirochaetes spp., Helicobacter spp., E. coli et des coques Gram positif sont aussi capables de croître dans le mucus intestinal (Probert et Gibson, 2002)
      2005
      Source: Collection des mémoires et thèses électroniques de l'Université Laval (fr)
    • Rôle du microbiote intestinal
      Rôle de la colonisation bactérienne dans la mise en place du système immunitaire intestinal

      Il existe un lien formel entre la flore bactérienne, la muqueuse intestinale et le système immunitaire, notamment par l'intermédiaire du système immunitaire inné dont les toll-like receptors (TLR) sont les principaux acteurs.

      La muqueuse intestinale, avec une surface de plus de 300 m2, est en permanence exposée à une quantité très importante d'antigènes, qu'ils soient d'origine alimentaire ou bactérienne. La flore bactérienne intestinale joue des rôles essentiels au niveau des systèmes immunitaires intestinal et périphérique

      La flore intestinale constitue une « barrière » permettant de limiter la colonisation par des bactéries pathogènes. L'équilibre de la flore intestinale résulte d'interactions microbiennes au sein du microbiote intestinal sous la forme de compétitions pour les substrats nutritifs ou les sites d'adhérence et de modifications de l'environnement intestinal par des produits du métabolisme bactérien : pH, bactériocines, acides organiques, etc. La flore intestinale est donc un biotope majeur, indispensable à l'acquisition et au maintien des fonctions digestives
      Source: Journal de pédiatrie et de puériculture (2009) (fr)
    • Facteurs d'agression du microbiote intestinal
      Un certain nombre de facteurs thérapeutiques ou diététiques altèrent durablement la flore intestinale.

      - L'antibiothérapie
      Qu'elle soit administrée par voie orale ou intraveineuse, en particulier aux phases cruciales d'implantation et de développement d'une flore bifide dominante, toute antibiothérapie doit être parfaitement indiquée et adaptée à la situation, tout particulièrement chez le nouveau-né et le nourrisson. Des travaux récents suggèrent un lien entre antibiothérapie en période néonatale et asthme [Alm B, Erdes L, Möllborg P, et al. Neonatal antibiotic treatment is a risk factor for early wheezing. Pediatrics 2008;121: 697—702.].

      - L'utilisation des traitements anti-acide
      Elle altère également la flore notamment dans le cadre du reflux gastro-oesophagien avéré ou malheureusement simplement suspecté devant des douleurs abdominales. L'absence de prokinétiques efficaces a conduit à une augmentation majeure de la prescription d'inhibiteurs de la pompe à protons. Malheureusement, l'alcalinisation gastrique supprime l'une des principales barrières à la colonisation par des bactéries de l'environnement, éventuellement pathogènes. Il a été montré que les traitements anti-acides augmentent le risque de diarrhée infectieuse et de pneumonie [Canani RB, Cirillo P, Roggero P, et al. Therapy with gastric acidity inhibitors increases the risk of acute gastroenteritis and community-acquired pneumonia in children. Pediatrics 2006; 117:e817—20.]

      - Carence en fibres alimentaires
      Une alimentation ne comprenant pas ou si peu de fibres alimentaires ne favorise pas l'implantation et surtout le maintien d'une flore équilibrée avec une proportion suffisante de bifides.

      - Gastroentérite aiguë
      Une banale gastroentérite aiguë (GEA) virale ou, plus rarement dans nos pays, d'origine bactérienne altère la flore intestinale. La plupart des enfants des pays à haut niveau de vie guérissent rapidement d'une GEA. Cependant, certains développent le classique tableau de diarrhée grave prolongée post infectieuse dont une des composantes est un déséquilibre durable de la flore intestinale avec toutes les conséquences que ses nombreux rôles physiologiques laissent supposer.
      Source: Journal de pédiatrie et de puériculture (2009) (fr)
    • Microbiote intestinal chez les enfants

      Établissement du microbiote intestinal

      L'établissement du microbiote intestinal est un processus relativement long qui se réalise durant les premiers mois de la vie. Ce processus s'effectue en plusieurs étapes au cours desquelles différentes populations bactériennes se succèdent au gré des facteurs internes et externes.

      Colonisation du tube digestif

      Dans l'utérus de la mère, le fœtus possède un tractus intestinal stérile. La colonisation du tube digestif est un phénomène rapide, qui débute lors de l'accouchement. Lors de cette première étape, cette colonisation est fonction principalement des facteurs environnementaux et du mode d'accouchement. En effet, les enfants nés par césarienne ne seront pas colonisés par les mêmes microorganismes que les enfants nés par voies naturelles (Moreau et al., 1986). De plus, les conditions environnementales et d'hygiène propres au lieu de naissance pourront aussi influencer l'acquisition du microbiote intestinal. Au cours des premiers jours de vie, une succession de microflores va s'opérer. Pendant les deux premiers jours suivant la naissance, le potentiel d'oxydoréduction de l'environnement colique est compris entre 0 et 200 mV, contre 300mV chez l'adulte. Cet environnement favorise l'établissement d'une microflore dominée par des microorganismes aérobies principalement composée de streptocoques et d'entérobactéries (Favier et al., 2002; Moreau et al., 1986 ; Sakata et al., 1985). Après 2 ou 3 jours de vie, la microflore anaérobie stricte commence à coloniser l'habitat colique: les bifidobactéries semblent s'établir en premier, suivies des Bacteroides , Clostridium et Fusobacterium (Chierici et al., 1997; Moreau et al., 1986). Cette étape de colonisation de l'habitat colique ne s'opère pas sous l'influence du régime alimentaire du nourrisson (lait maternel ou formules de lait infantile). Ce n'est qu'après l'établissement de la microflore que la nature du lait va permettre de favoriser le développement de certaines souches bactériennes parmi toutes celles potentiellement capables de se développer dans le tube digestif.
      Source: Collection des mémoires et thèses électroniques de l'Université Laval (fr)
    • Microbiote et cerveau

      Comme le rapporte le New Scientist de la semaine dernière (Hamzelou J. Born dirty, with a gutful of bacteria. New Scientist, 14 avril 2012,6-7)

      Les bactéries intestinales se montrent capables d'influencer la personnalité des animaux. En l'absence de microbiote, les souris développent un comportement anormal. Elles apparaissent désinhibées, manifestent des capacités d'apprentissage limitées. Mais il suffit de leur transmettre une flore intestinale pour qu'elles retrouvent un comportement normal. Plus intriguant encore : si l'on transfère le microbiote de souches de souris agressives à des souris sélectionnées pour leur pacifisme, le comportement agressif suit les bactéries. Par quel mystère ? Eh bien, il semble que le microbiote change le niveau de protéines cérébrales impliquées dans l'humeur et l'anxiété. Conclusion de l'auteur de l'article, Stephen Collins : «les bactéries intestinales produisent des molécules qui agissent sur le cerveau». «Une personnalité est une chose vraiment compliquée», ajoute James Kinross, un chercheur spécialiste du microbiote. «Ce qui nous fait être nous-mêmes n'est pas simplement déterminé par des bactéries, mais elles peuvent jouer un rôle dans le développement de nos personnalités».

      Il n'est donc pas impossible que l'on sache un jour prédire certains des troubles somatiques ou psychiques susceptible d'affecter un enfant en analysant son méconium. Voire que l'on parvienne à influencer sa santé en changeant le régime de sa mère, ou en modifiant sa flore intestinale…
      Source: Revue médicale suisse - 2012 (fr)
    • Le microbiote dans les maladies du foie et du tube digestif : la révolution annoncée
      La microflore intestinale humaine, désignée par le terme de microbiote, est caractérisée par une grande complexité puisqu'elle est composée de 400 à 600 espèces bactériennes différentes. Celles-ci forment une biomasse hautement interactive constituée d'au moins 1014 bactéries et contenant 100 fois plus de gènes que le génome humain. A la naissance, le tube digestif est stérile, le processus de colonisation bactérienne commence à partir de ce moment. Plusieurs facteurs influencent ce processus initial : l'âge gestationnel, le mode d'accouchement, la nutrition néonatale et des facteurs génétiques. Le microbiote évolue jusqu'à la deuxième année de vie puis atteint un état définitif qui restera stable jusqu'à l'âge adulte. Cette stabilité est toute relative puisque le microbiote est soumis à de multiples facteurs pouvant le modifier et le déréguler (régime alimentaire riche en graisses, consommation chronique d'alcool, tabagisme, prise d'antibiotiques ou d'AINS, appendicectomie). Ce dérèglement, définit par le terme de dysbiose, n'est autre qu'un déséquilibre entre les bactéries commensales et les bactéries pathogènes de la microflore. La dysbiose s'avère être le dénominateur commun à plusieurs pathologies : l'obésité, les hépatopathies alcooliques et non alcooliques et enfin les maladies inflammatoires chroniques et cryptogénétiques de l'intestin (MICI). Cet article tentera de décrire les mécanismes de la dysbiose et esquissera très brièvement des hypothèses sur son implication dans la pathogénie des stéatohépatites ainsi que des MICI.

      Conclusion :L'influence de la flore microbienne de l'intestin sur l'apparition et le développement des stéatohépatites ainsi que des MICI est sans doute déterminante. La reconnaissance de ces mécanismes et la modulation de la composition du microbiote intestinal sont au centre des investigations actuelles.

      Implications pratiques:

      -Des arguments convergents suggèrent l'implication des micro-organismes dans la pathogenèse des stéatohépatites et des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin

      -La consommation d'alcool ainsi qu'un régime alimentaire riche en graisses peuvent induire une dysfonction de la barrière intestinale et/ou à une modification qualitative et quantitative de la flore bactérienne. Il en résulte une élévation des taux plasmatiques de LPS (endotoxines) dans la circulation portale, à l'origine d'une cascade inflammatoire au niveau hépatique

      -Au cours des maladies inflammatoires chroniques intestinales (MICI), une dérégulation du microbiote intestinal est observée (dysbiose), exprimée par une diminution de la biodiversité au sein du groupe des Firmicutes principalement, avec une baisse significative du taux de Faecalobacterium prausnitzii

      -Les MICI se caractérisent par une perte de tolérance immune des bactéries commensales, par le biais de plusieurs mécanismes : sécrétion altérée de peptides antibactériens, altération de la barrière chimique de l'épithélium (biofilm), réponse immune innée anormalement augmentée

      -Le microbiote intestinal constitue une cible thérapeutique séduisante dans les stéatohépatites et les MICI. La modulation de sa composition par l'utilisation de probiotiques est au centre des investigations actuelles

      Source: Revue médicale suisse - 2011 (fr)
    • La flore intestinale, responsable de notre poids ?

      L'obésité est une maladie multifactorielle et souvent considérée comme la résultante d'un déséquilibre entre l'apport alimentaire et la dépense énergétique. Cependant, la composition bactérienne de la flore intestinale pourrait être un troisième élément impliqué dans le développement de l'excès du poids. Selon le type d'alimentation, cette boîte noire des intestins pourrait contribuer d'une part à la modification de l'extraction calorique à partir des aliments, et d'autre part, au changement de la dépense énergétique.

      La flore intestinale a des liens avec le métabolisme intermédiaire et l'inflammation, et elle peut être impliquée dans la physio pathogenèse du diabète (types 1 et 2), syndrome métabolique et obésité. Le changement des habitudes alimentaires avec une alimentation riche en fibres et de type méditerranéen pourrait induire des modifications du microbiote intestinal et, par conséquence, une perte de poids, une amélioration du syndrome métabolique et du diabète.
      Source: Revue médicale suisse - 2009 (fr)
    • Les bactéries intestinales, facteur d'aggravation des maladies liées à l'obésité
      Les bactéries de l'intestin (ou microbiote intestinal) sont responsables du développement des complications métaboliques du foie associés à l'obésité. Pour la première fois, des chercheurs de l'Inra et de l'Inserm établissent ce lien de causalité grâce à des transplantations de bactéries intestinales chez des souris. Publiés en ligne sur le site de la revue Gut le 29 novembre 2012, ces résultats laissent entrevoir des pistes préventives et thérapeutiques basées sur la maîtrise du microbiote intestinal pour enrayer le diabète de type 2 ou les maladies hépatiques liées à l'obésité.
      Novembre 2012
      Source: INRA - Unité MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS) (fr)
    • Microbiote intestinal, obésité et résistance à l'insuline
      La prévalence de l'obésité et du diabète de type 2 ne cesse d'augmenter dans les pays développés. Ces maladies représentent de réels problèmes de santé publique, amenant à une recherche intensive sur leurs causes et les possibilités d'intervention. Ces dernières années, la flore intestinale est devenue l'un des éléments phare de cette recherche, dont le développement a été jusque-là limité par les technologies disponibles. Aujourd'hui, les progrès en biologie moléculaire permettent une approche plus spécifique, avec la mise en place d'une librairie génétique du microbiote intestinal. Cet article examine les connaissances acquises et les hypothèses concernant le rôle potentiel de la flore intestinale dans le développement de l'obésité et de la résistance à l'insuline.

      Les études menées chez les souris axéniques (dépourvues de flore intestinale) ont clairement démontré le rôle important du microbiote intestinal dans l'homéostasie énergétique de l'hôte.4 Les souris axéniques, comparativement aux souris pourvues en flore intestinale, sont protégées de l'obésité induite par un régime à haute teneur en graisse, mais aussi des désordres métaboliques associés comme l'intolérance au glucose ; leur sensibilité à l'insuline est augmentée.5 Cependant cette «résistance» de la souris axénique à un régime à haute teneur en graisse n'est pas constante. Elle est dépendante de la composition dudit régime, suggérant que c'est plutôt l'interaction entre les germes intestinaux et les nutriments qui détermine le développement de l'obésité et de la résistance à l'insuline.6 Les études d'intervention chez les souris axéniques ont également montré que des modifications du microbiote intestinal, dont la composition est différente chez les souris obèses et minces, peuvent être à l'origine de l'obésité et du diabète
      Source: Revue médicale suisse - 2011 (fr)
    • Infection nosocomiale et dérèglement du microbiote intestinal
      Clostridium difficile : vers des infections graves en médecine ambulatoire ?

      Suite à de graves épidémies hospitalières dues à des souches hypervirulentes de Clostridium difficile, plusieurs systèmes de surveillance nord-américains et européens ont mis en évidence une recrudescence des infections dues à cette bactérie, également en dehors des hôpitaux. Le cas rapporté ici illustre l'aspect fulminant qu'une colite à C. difficile peut revêtir chez une personne sans antécédents particuliers et non hospitalisée. Il introduit une revue d'articles récemment parus sur les actuels changements épidémiologiques et cliniques de cette maladie et sur sa prise en charge.

      Conclusion En raison de la recrudescence hospitalière et extra-hospitalière des ICD et de l'émergence de souches bactériennes hypervirulentes et plus résistantes, il est important que le clinicien évite les prescriptions injustifiées d'antibiotiques et reste vigilant lors de diarrhées, surtout mais non seulement chez un patient ayant récemment séjourné à l'hôpital ou reçu des antibiotiques.

      Implications pratiques

      -L'émergence de souches hypervirulentes de C. difficile et l'augmentation observée dans de nombreux pays du nombre d'infections dues à cette bactérie doivent motiver le clinicien à éviter les prescriptions injustifiées d'antibiotiques et à rester vigilant en cas de diarrhées

      -L'absence d'exposition récente à des antibiotiques n'exclut pas la possibilité d'une infection à C. difficile

      - La recherche de C. difficile, à ne pratiquer en règle que sur des selles diarrhéiques, doit faire l'objet d'une demande particulière au laboratoire qui peut rendre rapidement des résultats suffisamment fiables en combinant des tests directement effectués sur les selles tels que la recherche d'antigène et de toxines spécifiques

      - Le métronidazole (500 mg p.o. 3x/j durant 10-14 j) est adéquat pour les cas légers et lors d'une première récidive. La vancomycine (125 mg p.o. 4x/j durant 10-14 j) est préférée pour les cas plus graves

      Source: Revue médicale suisse - 2010 (fr)
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